Attraverso un portale di epoca rinascimentale, si accede al battistero, e al ricco apparato decorativo che lo contraddistingue, fatto di più ordini di tarsie marmoree, edicole scolpite e mosaici.
Al centro vi è la fonte battesimale, ricostruzione cinquecentesca con reimpiego di materiali antichi. Su quattro degli otto lati, nicchie laterali contengono un altare del VI secolo, un vaso romano in marmo e una croce del VII secolo, in origine posta sul tetto. Le leggeri colonne lungo il perimetro della struttura sbucano a circa metà della loro altezza dall’attuale pavimento; grazie ad alcune trincee di scavo è possibile vedere le loro basi e il piano di calpestio originario.
Le iscrizioni latine sopra le nicchie absidate alludono alla remissione dei peccati e al Battesimo. Intorno è un profluvio di tralci di vite, incorncianti alcune figure in abito classico. Salendo con lo sguardo all’ordine superiore, si notano una serie di stucchi con figure forse di profeti all’interno di edicole classiche; nelle lunette coppie di animali e episodi della bibbia. Nei pennacchi, infine, si sviluppano motivi vegetali in mosaico.