La parte più spettacolare della chiesa è sicuramente il catino absidale, dove si trovano i mosaici di epoca giustinianea. La composizione centrale è una rappresentazione simbolica della Trasfigurazione: la mano di Dio indica la grande Croce, al cui centro vi è il volto di Cristo, circondato da 99 stelle. Alle estremità delle braccia l’Alpha e l’Omega, il principio e la fine, sulla cima della croce la parola greca ichthys, acronimo di Iesùs Christòs Theù Hyiòs Sotèr, Gesù Cristo Figlio di Dio Salvatore. Ai piedi della croce, la scritta latina Salus Mundi, Salvezza del mondo. Questo completo apparato iconografico vuole illudere alla persona, alla sostanza e alla missione di Redenzione del mondo di Gesù, un programma volto a dimostrare la natura divina del Cristo, in opposizione all’arianesimo che invece lo negava.
Le due figure alate attorno alla croce, che si stagliano sul fondo oro, sono Mosè e il profeta Elia; le tre pecore che guardano la Trasfigurazione rappresentano i tre apostoli presenti all’evento. Intorno a loro, elementi naturali che vogliono rappresentare il paradiso terrestre. Immerso nella vegetazione vi è anche Sant’Apollinare, in atto di pregare per il suo gregge, rappresentato da dodici pecore.
Nella fascia inferiore, tra le cinque finestre, inseriti in un edicola, vi sono i vescovi Ursicino, Orso, Severo ed Ecclesio; nell’archidosso delle finestre, si riconoscono finte colonne in mosaico.
La datazione dei mosaici fin qui descritti risale alla metà del VI secolo. Lo stile si può definire di transizione tra la grande tradizione classica e quella emergente bizantina: si possono ancora osservare alcuni cenni di naturalismo, come nella resa dei volti dei vescovi, tuttavia l’intera composizione risente della fissità simbolica dell’arte bizantina.
I mosaici posti agli estremi delle finestre sono di epoca più tarda, del VII secolo, quando ormai l’Italia del nord era in mano longobarda, e la stessa Ravenna viveva sotto la minaccia di possibili invasioni.
Nella parete sinistra, l’imperatore Costantino IV, attorniato dai fratelli, dal figlio (futuro imperatore col nome di Giustiniano II), e da dignitari ecclesiastici, consegna i privilegi alla chiesa ravennate, rappresentata da Reparato. Nella parete di destra, invece, sono rappresentati tra importanti sacrifici dell’antico testamento: quelli di Abele, Melchisedec e di Abramo. La composizione di questi ultimi mosaici rimanda a quelli presenti in San Vitale; tuttavia si presentano molto più impoveriti, con figure irrigidite, meno naturali, per un effetto meno generale meno grandioso.