Eseguiti durante il regno di Teodorico, i mosaici di Sant’Apollinare Nuovo subirono un esteso e violento rimaneggiamento già a metà del VI secolo, quando, con la riconquista bizantina della città da parte di Giustiniano, fu ordinata la cancellazione di ogni testimonianza del dominio goto su Ravenna, una condanna di Damnatio Memoriae, massima pena e umiliazione prevista nel mondo romano. Ne è un lampante esempio il celebre riquadro col Palazzo di Giustiniano, dove, sotto le tendine dell’ingresso principale, il re Teodorico è scomparso e sostituito con un semplice fondo oro.
Della decorazione teodoriciana, dunque, sono rimasti solo i due ordini superiori e poco visibili, mentre i grandiosi cortei su entrambi le pareti della navata rappresenta la nuova decorazione voluta da Giustiniano.
Nel registro superiore sono rappresentate scene del Nuovo Testamento intervallate da riquadri decorativi. Lo stile evidenzia una fase di passaggio tra l’arte classica di tradizione romana a quella più recente di gusto bizantino, in quanto le figure presentano già elementi di staticità e fissità degli sguardi tipici dell’arte bizantina, ma le scene sono un condensato di vivacità naturalistica e di ricerca di spazi reali come vuole la tradizione classica romana.
Nel registro mediano si trovano sedici figure di santi, in toga bianca.
Nel registro inferiore, invece, si snodano i celeberrimi cortei. La parete sinistra inizia con la famosa veduta del porto romano di Classe e della città di Ravenna, rappresentata tramite gli edifici più rappresentativi dell’epoca: il palazzo, l’anfiteatro, l‘acquedotto, la chiesa. Da qui si snoda un lungo corteo di sante che si conclude coi Re Magi pronti ad omaggiare la Madonna e Gesù bambino attorniati da angeli, visti in posizione frontale e sguardo fisso.
Nella parete di destra, dal già citato palazzo di Teodorico, un trionfo di colonne e finestre, dove un tempo vi erano dignitari goti tra le varie arcate, sostituite da tendaggi da Giustiniano. Osservando bene le colonne, si possono ancora coglieri alcuni particolari dei dignitari scomparsi, quali mani o lembi dei vestiti. Alle spalle del palazzo una vista della città di Ravenna, in cui si possono forse riconoscere i due battisteri, quello ariano a sinistra e il neoniano a destra. Dal palazzo si dipana il corteo di santi, al cui termine vi è Gesù Cristo seduto su un ricco trono e circondato da quattro angeli.
Lo stile qui riflette ormai pienamente il gusto bizantino, con figure molto simili tra loro impegnati nelle medesime e ripetitive pose, in cui la staticità simbolica, la fissità degli sguardi e l’assenza di emozioni, sono i caratteri più riconoscibili.